火影忍者幻之试炼二的核心难点集中在高难度BOSS机制、流派养成的随机性、隐藏关卡触发条件、多阶段战斗续航压力四大方面，这些难点相互关联，对玩家的操作、策略规划和运气均有较高要求。
高难度BOSS的复杂机制是最直观的难点，后期BOSS不仅技能覆盖范围广，还存在多阶段变身和协同攻击机制。佩恩天道的战斗分为单挑战和六道群攻两个阶段，万象天引会强制拉扯位置，超神罗天征的大范围击退配合地爆天星倒计时，若未能快速清场极易被秒杀；白面具带土的三阶段战斗更具挑战性，第二阶段外道魔像的落雷和丢石头需要持续移动规避，第三阶段神威空间内，六个人柱力的尾兽化攻击与带土的技能交替释放，需同时兼顾躲避和输出。须佐鼬的天照技能有蔓延、追踪、普通三种形态，蔓延形态需占据特定安全区域，追踪形态则需持续位移脱离锁定，第三阶段须佐形态的固定攻击节奏需精准把握绕后时机，错过则会陷入连续受击。
流派养成的随机性极大影响通关概率，核心能力和秘卷的获取全靠宝箱刷新。主流的秘卷流高度依赖一字连柱或土遁·土流枪，搭配秘卷连发、秘卷魔化等强化能力，若前期未能刷出核心秘卷，后期伤害不足难以应对BOSS；回血流需集齐替身回血、奥义回血等关键属性，缺少任一环节都可能在BOSS爆发阶段被秒杀。通灵兽选择同样受限，蛞蝓回血存在延迟，可能导致光门判定失败，猿魔虽有buff加成但偶尔会出现机制BUG，而蛤蟆龙的减CD和吸引火力能力虽实用，却需在宝箱中随机获取，无法主动解锁。部分能力存在隐藏陷阱，如独臂系列能力会牺牲部分操作功能，若未看清描述盲目选择，会直接打乱战斗节奏。
隐藏关卡和特殊BOSS的触发条件苛刻，增加了通关的不确定性。秽土鼬的触发需要前序关卡触发两个以上光门，而光门解锁要求保持高血量通关，这对前期战斗的容错率提出严格要求；隐藏第七关的解锁需先通关第六关获得英雄之证，装备后再次通关才能触发，期间若遭遇秽土斑等高强度BOSS，没有成型的流派支撑很难突破。部分隐藏宝箱关的触发没有明确提示，仅在场景切换时有短暂延迟，若未及时察觉就会错过关键奖励，影响后期养成进度。
多阶段战斗的续航压力和操作容错率要求，让中后期关卡成为翻车重灾区。前期关卡若受伤过多，不仅会失去光门奖励，还会导致后期血量储备不足，面对BOSS的高爆发技能难以承受；技能释放期间无法替身的机制，使得交叉回血流等流派在缺少“单次受伤不超过10%”属性时，极易被BOSS秒杀。普攻流和奥义流虽各有优势，但普攻流惧怕佩恩天道等控制型BOSS，奥义流则依赖蛤蟆龙的减CD辅助，一旦流派被BOSS机制克制，又无法通过宝箱调整方向，就只能被迫重置关卡。
