口袋妖怪火红御三家基础获取地点为真新镇大木博士研究所，额外补全剩余两只的渠道分为原版联机交换与改版野外草丛定点刷新两类，原版无野生小火龙、杰尼龟、妙蛙种子，改版存在固定野外刷新点位可直接捕捉全部三只御三家。
游戏开局流程会强制引导前往真新镇南部研究所，完成1号道路草丛触发剧情后返回研究所，大木博士会提供妙蛙种子、小火龙、杰尼龟三选一，选定后另外两只无法通过剧情直接领取，该点位是唯一稳定获取5级初始御三家的途径，拿到宝可梦后同步解锁图鉴与基础精灵球，推进至常磐市即可开启主线道馆挑战。原版单机流程不存在野生御三家刷新机制，若不借助联机交换，单机无法集齐完整御三家阵容，联机交换点位设在宝可梦中心二楼联机房间，携带任意可交换宝可梦即可与其他存档互通缺失的御三家，交换所得宝可梦等级统一为5级，性格、个体值随机刷新，交换前存档能反复刷新优质属性个体。
各类386改版拓展了野外捕捉点位，妙蛙种子固定刷新于常磐森林整片高草丛，区域内同时刷新绿毛虫、独角虫，遭遇概率约百分之五，进入森林前携带解麻药、普通球与超级球，利用刀背打压低血量再捕捉，大幅降低逃跑概率；小火龙刷新点位在华蓝市左侧延伸草地，紧邻水系道馆外围，区域水系宝可梦较多，捕捉时优先携带岩石、水系宝可梦控血，避免小火龙使用火花造成己方宝可梦重伤；杰尼龟刷新点位集中在真新镇北侧1号道路浅草丛，全图遭遇概率最低，长时间刷取效率较差，中期解锁冲浪术后前往19号道路浅滩水域，改版中此处杰尼龟刷新概率翻倍，可搭配钓竿同步提升水系宝可梦遇敌频率，野外捕捉的御三家初始等级区间为5至8级，与开局领取个体养成上限无区别，适合不想联机交换的收集向训练师。
收集御三家配套养成玩法可同步降低收集难度，开局选择草系妙蛙种子，前期常磐森林对战虫系、岩系道馆具备天然属性优势，依靠催眠粉稳定控场；选择火系小火龙，尼比市岩石道馆对战压力极小，后期进化喷火龙解锁飞行代步，省去冲浪术解锁前的道路绕路流程；选择水系杰尼龟，轻松碾压华蓝市水系道馆，冲浪术获取后可快速遍历全图水域捕捉稀有水系宝可梦。若走改版全捕捉路线，建议按常磐森林、华蓝市左侧、1号道路的顺序依次刷取，沿途在宝可梦中心持续补给道具，避免中途回城浪费刷取时间，捕捉完成后统一存放电脑箱子，方便后续搭配对战阵容，三只御三家进化等级统一为16级一阶、32至36级二阶，提前预留经验糖果可快速成型通关队伍。
