摩尔庄园里的船只航行分为两种模式，自由操控航行仅限定特定水域载具，常规探险船只采用目标派遣模式，想要顺利在水面移动，首先需要确认船只类型、停靠点位以及可航行水域范围，再按照对应的操作方式启动航行。想要操控船只自由在水面行驶，必须先前往神秘湖沙滩码头召唤水上载具，普通装饰船只无法直接下水航行，很多玩家会混淆家具船只与可交互航行船只，白白浪费时间尝试操作。抵达码头区域后，靠近停靠的船只，点击交互按钮登船，移动端依靠左侧虚拟摇杆控制行进方向，屏幕按键可以实现船只转向、减速，靠近浅滩礁石区域时，船只将会自动减速，避免直接卡在地形之中。
需要留意地图水域的航行边界，神秘湖大片海域支持船只自由航行，但内陆小河、庄园池塘无法使用船只通行，水域边缘存在隐形屏障，船只抵达边界后无法继续向前行驶。航行途中水面会随机刷新物资采集点，驾驶船只靠近光点即可触发采集，获取海藻、贝壳、各类鱼类资源，采集过程中船只保持原地漂浮，无需持续操控方向。不同款式的航行船只存在基础差异，小型船只转向灵活，适合近距离搜集资源，大型船只移动速度更快，拥有更大的采集承载上限，长时间出海搜集材料优先选择大型船只。船只航行会持续消耗精力值，精力耗尽之后依旧可以正常移动，但无法进行水面资源采集，合理规划航行路线能够减少往返码头补给的次数。
执行派遣探险类的船只不需要手动操控航行，选定目标海域后确认出发，船只自动航行抵达目的地，等待航行时长结束就能领取奖励。这种模式不存在方向操控，重点在于选择合适的探险区域，高级海域产出稀有道具，但需要解锁对应的前置条件。航行途中还可以偶遇其他正在驾驶船只的摩尔，水面支持多人船只同屏航行，能够结伴寻找稀有鱼群刷新点位。新手容易遇到登船失败、船只无法移动的问题，大多是因为站在浅滩、礁石上触发交互，离开浅水区走到深水码头再尝试登船，就能顺利开启水面航行。熟练掌握航行范围和操作细节之后，依靠船只搜集水上资源的效率会大幅提升，轻松完成日常任务所需材料的收集。
