明日之后主要副本集中在游戏右上角日程界面的区域行动板块，野外地图固定入口、方舟市、营地专属场景以及部分限时活动场景同样可以开启各类副本挑战，所有副本均存在采集等级门槛，解锁后可组队或者创建单人队伍进入挑战。区域行动是日常接触最多的副本类型，分为每日行动、每周行动与联盟行动三大类，优先通过日程面板开启副本最为便捷，选中目标副本点击前往，系统会直接传送至副本入口，省去长途跑图寻找点位的时间。每日行动副本分布在多张野外地图，秋日秘径位于秋日森林，黄沙戈壁坐落在沙石堡，高地工厂处于白树高地，密斯卡大学入口在密斯卡园区，熔岩密窟设立于圣罗纳市，幸存者也可以直接乘坐直升机抵达对应地图，自行寻找副本传送NPC开启挑战。每日副本拥有每日奖励次数上限，次数耗尽再次挑战不会掉落基础物资与执勤点，合理规划挑战顺序能够避免体力与弹药的浪费。
每周行动副本难度更高，产出高阶配件、专研材料，大多集中在莱文市与莱文市黎明区，莱文市医院、英雄公园、供电厂以及大剧院都属于该类别副本，部分高等级周本需要通关前置每日副本才能解锁。联盟行动属于高难度长期副本，解锁等级要求更高，挑战入口同样整合在区域行动列表之中，通关有概率获得高阶芯片、核芯宝箱等稀有奖励。这类副本推荐组建四人小队挑战，依靠职业配合应对BOSS特殊机制，副本内部自带耐久减免机制，无需过度担心装备损耗，追求高效速刷的队伍可以提前沟通分工，安排玩家负责拉怪、输出与救援。野外地图的据点战役也属于小型副本范畴，在据点区域找到商队NPC即可接取，适合新手积累战斗熟练度与基础资源。
方舟市还开放了危海寻晶专属副本，抵达方舟市后找到NPC莱斯莉对话就能开启挑战，该副本可以使用奖励卷获取额外通关收益，是获取异变相关材料的稳定途径。营地场景内同样存在副本玩法，营地围剿特殊感染体、尸潮防守副本由营地管理设定开启时段，营地成员抵达营地指定点位就能参与，能够收获营地贡献、护甲材料等物资。禁区淘金作为轮换开放的野外副本，跟随活动指引前往指定地图，找到密码门交互即可进入探索，地图内存在大量宝箱与精英怪物，熟悉各类房间密码能够大幅提升探索效率。各类副本存在难度区分，幸存者可以根据自身装备水平，自由选择普通模式或者异变模式挑战。
很多幸存者容易混淆副本入口，不建议盲目在整张地图搜寻点位，优先利用日程一键传送功能，同时留意等级限制，未达到采集等级的副本入口会处于锁定状态。单刷副本容错率偏低，遇到高血量精英怪与BOSS时，可以利用地图内的油桶、墙体作为掩体规避伤害，战斗间隙及时布置弹药箱补给物资。不同副本奖励侧重各不相同，日常副本适合稳定积攒金条、采集券，周本和联盟行动用来获取进阶打造材料，营地副本侧重兑换营地商店物资，幸存者可以按照自身养成需求安排每日副本清单，最大化每次通关收益。
